ppkファイルはputtyというアプリで利用する用の鍵です。
なのでputtyを利用して再変換が可能です
■鍵ppkをpemに変換
・インストール
sudo apt-get install putty-tools
・使い方
puttygen dummy.ppk -O private-openssh -o dummy.pem
Linux OSでppk鍵を変換する
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